Si vous n'avez pas effectué de sauvegarde de vos applications et dossiers au préalable (fortement déconseillé) il sera ainsi possible de récupérer certaines choses (pas les applications stockées dans C:\windows.old\program files car des composants seront manquants).
Une fois vos dossiers récupérés, vous pourrez supprimer sans craintes le dossier "Windows.old"